A estratificação de risco para os municípios usa como ponte de corte valores de referência das taxas de incidência calculada com os números absolutos de casos suspeitos por 100.000 habitantes divididos pela população residente de cada município. Assim, os municípios são classificados como de baixa incidência abaixo de 100 casos por 100.000 habitantes, moderada de 100 a 300 casos por 100.000 habitantes e alta incidência acima de 300 casos por 100.000 habitantes.